PubChem proporciona información sobre las actividades biológicas de moléculas pequeñas. Es un componente de la Iniciativa del Mapa de Molecular Libraries NIH. PubChem está organizado como tres bases de datos vinculadas dentro del sistema de recuperación de información Entrez del NCBI. Estas son PubChem Substance, PubChem Compound y PubChem BioAssay. PubChem también proporciona una herramienta de búsqueda de similitud de estructura química rápida.